O curso de Musicoterapia forma bacharéis que pesquisam a relação do ser humano com os sons para aplicar métodos terapêuticos que restabeleçam o equilíbrio físico, psicológico e social do indivíduo. O estudante é levado a articular, teoricamente, elementos científicos aos culturais, isto é, o conhecimento científico à prática sonoro-musical e às práticas sociais. Para isso a Faculdade possui clínica e laboratório de musicoterapia, para tratamento grupal e individual, atendendo a uma grande demanda social.

O perfil do musicoterapeuta permite-lhe utilizar instrumentos musicais, cantos e ruídos para tratar de portadores de distúrbios da fala e da audição ou de deficientes físicos e mentais. Permite-lhe, também, trabalhar com estudantes com dificuldades de aprendizagem e com dependentes de drogas;promover a reintegração social de menores infratores e desenvolver potenciais criativos na área preventiva.

No mercado de trabalho, o musicoterapeuta pode atuar em clínicas e hospitais, escolas especiais, consultório próprio, empresas, asilos e creches, assistência a idosos, gestantes e adolescentes portadores ou não de deficiência mental, pacientes com problemas neurológicos e emocionais.

O currículo abrange três campos: o científico, composto de disciplinas das áreas social e biomédica (Filosofia, Antropologia Geral, Etnomusicologia, Anatomia e Fisiologia Humana, Psicologia, Teorias e Técnicas Psicoterápicas); o artístico (Iniciação Musical, Percepção Musical, Expressão Vocal) e o científico-artístico (Expressão Artística em Musicoterapia, Fundamentos da Musicoterapia, Teorias e Técnicas Musicoterápicas). A junção entre a teoria e a prática é feita por meio de estágios supervisionados pelo corpo docente.

O projeto de lei que regulamenta a profissão de musicoterapeuta foi votado e aprovado no dia 23 de abril de 2008, tendo sido dirigido à Plenária final para assinatura do Presidente da República. O Curso de Musicoterapia da FMU foi reconhecido pelo MEC: "portaria 3.133 de 13 de setembro de 2005, DOU n^o 177 - Seção 1 - 14/09/2005 - P. 38", com avaliação excelente.